Nesta linha de pesquisa busca-se entender como as comunidades de aves estão organizadas ao longo das escalas espaciais e temporais. Especialmente busca-se analisar os efeitos da fragmentação e da degradação do habitat sobre as comunidades de aves por meio de índices ecológicos. Recentemente, o índice de diversidade funcional, onde a perda das funções ecológicas das aves em função de ações antrópicas pode ser avaliada, tem sido a abordagem principal. Esta linha de pesquisa permite avalições da qualidade ambiental local, como no cálculo do Índice de Integridade Biótica. A floresta é o ambiente principal de análise, mas o ambiente aquático, dominado por garças e socós, também tem sido investigado. Anfíbios e mamíferos são outros grupos que adicionalmente são investigados em estudos de comunidades.
Esta linha de pesquisa é dedicada à análise individual das espécies em relação à distribuição da abundância delas localmente, entre ambientes diferentes, ou regionalmente, ao longo de suas distribuições geográficas. Tal abordagem permite estabelecer para cada espécie, por exemplo, níveis de associação a tipos de florestas ou de sensibilidade à fragmentação de habitat. A Mata Atlântica é o bioma foco desta linha de pesquisa.
A comunicação sonora dos corvídeos, especialmente gralhas neotropicais, tem sido uma linha de pesquisa adicional no LOBIO. Nela os sons emitidos pelas gralhas têm sido utilizados em estudos sobre Sistemática, Ecologia, Etologia e Evolução. Outros aspectos, como o comportamento alimentar e reprodutivo, além das implicações para conservação, também são abordados para este grupo de aves.